Veranstalter

Heinrich Herre (Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie, Universität Leipzig)
Janet Kelso (Max-Planck-Institut für Evolutionäre Anthropologie, Leipzig)
Stefan Schulz (Institut für Medizinische Biometrie und Medizinische Informatik, Universitätsklinikum Freiburg)

Ort und Zeit

Max-Planck-Institut für Evolutionäre Anthropologie (MPI EVA), Leipzig
25.-26. November 2009

Ziel des Workshops

Dieser erste Workshop des OBML-Arbeitskreises dient dem Ziel, auf den Schwerpunkten des AK tätige Wissenschaftler zu einem Gedankenaustausch zu versammeln, neuere Ergebnisse zu diskutieren und Kooperationbeziehungen anzuregen. Im Mittelpunkt stehen die folgenden Themen:

• Ontologien im Bereich der Biomedizin und der klinischen Forschung
• Prozessontologien in der Systembiologie und in der Medizin
• Ontologien zur Beschreibung klinischer Studien und medizinischer Phänotypen
• Rolle der Ontologien in der Wissensrepräsentation
• Methoden und Werkzeuge für den Aufbau von Ontologien

Programm, Abstracts & Präsentationen

• Programmübersicht mit Zeitangaben: PDF
• Abstracts (gesammelt in einer Datei): PDF [ca. 2 MB]

Introduction
Introduction	Herre, Heinrich	PPT
Session 1: Metrics for ontology evaluation
Evolution of Life Science Ontologies	Hartung, Michael	PDF
Quality of Functional Annotations in Life Science Data Sources	Groß, Anika	PDF
Matching Large Life Science Ontologies	Kirsten, Toralf	PDF
Applying Corpus-Based Ontology Evaluation – The Case of the ACGT Master Ontology	Brochhausen, Matthias	entfallen
Linked Data for the Life Sciences	Auer, Sören	PDF
Collaborative Editing and Publishing of Linked Data with OntoWiki	Dietzold, Sebastian [Vertretung: Auer, Sören]	PDF
Session 2: Terminologies for clinical diagnostic support
SNOMED CT, Description Logic and Decision Support	Niggemann, Jörg	Anfrage
Applying SNOMED CT & ID MACS terminology to the German electronic commitment statement for organ donation (eOSE)	Hellmann, Gunter	PDF
Clinical diagnostics in human genetics with semantic similarity searches in ontologies	Robinson, Peter	Anfrage
Dynamic Typing and Non-monotonic Reasoning – Principles for a Semantic Interpreter	Straub, Hans Rudolf	PDF
Session 3: Theoretical principles
How should parthood relations be expressed in SNOMED CT?	Baader, Franz	PPT
Constitution relations in biological cells	Jansen, Ludger	PDF
Reality and Abstraction: A Look at Different Models	Straub, Hans Rudolf	PDF
Formal Semantics and Ontologies	Loebe, Frank	PDF
Session 4: Ontology engineering and use
Neglected Tropical Diseases	Freitas, Fred	PPT
The application of an ontology design pattern for functional abnormalities to phenotype ontologies and the extraction of an ontology of anatomical functions	Ngonga Ngomo, Axel Cyrille	PDF
The ChEBI ontology	Hastings, Janna	PPT
An ontology-generation plug-in for OBO-Edit	Wächter, Thomas	PDF
Concurrent ontology building with Collaborative Protégé	Schober, Daniel	PPT
Mining ontology concepts from literature for automated gene annotation	Plake, Conrad	PDF
Session 5: Modelling and causality
A Four-Level Translational Approach to Modeling Surgical Processes	Neumuth, Thomas	PPT
Ontological Knowledge Bases for Computer Assisted Surgical Applications	Mudunuri, Raj	PPT
Knowledge Representation via Digital Brain Atlases	Hege, Hans-Christian [Vertretung: Kuß, Anja]	PDF
Beyond Structure: KiSAO and TEDDY – Two Ontologies Addressing Pragmatical and Dynamical Aspects of Computational Models in Systems Biology	Knüpfer, Christian	PDF
A theory of causality	Michalek, Hannes	PDF