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1. Workshop des GI-Arbeitskreises Ontologien in Biomedizin und Lebenswissenschaften (OBML)

pre-workshop version

Contents


Veranstalter

Heinrich Herre (Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie, Universität Leipzig)
Janet Kelso (Max-Planck-Institut für Evolutionäre Anthropologie, Leipzig)
Stefan Schulz (Institut für Medizinische Biometrie und Medizinische Informatik, Universitätsklinikum Freiburg)

Ort und Zeit

Max-Planck-Institut für Evolutionäre Anthropologie (MPI EVA), Leipzig
25.-26. November 2009

Ziel des Workshops

Dieser erste Workshop des OBML-Arbeitskreises dient dem Ziel, auf den Schwerpunkten des AK tätige Wissenschaftler zu einem Gedankenaustausch zu versammeln, neuere Ergebnisse zu diskutieren und Kooperationbeziehungen anzuregen. Im Mittelpunkt stehen die folgenden Themen:



Programm, Abstracts & Präsentationen

[27.11.2009: im Aufbau]



Introduction

Herre, HeinrichPPT

Session 1: Metrics for ontology evaluation

Hartung, MichaelPDF DocumentPDF
  • Quality of Functional Annotations in Life Science Data Sources
Groß, AnikaAnfrage
Kirsten, ToralfPDF DocumentPDF
  • Applying Corpus-Based Ontology Evaluation – The Case of the ACGT Master Ontology
Brochhausen, Matthiasentfallen
  • Linked Data for the Life Sciences
Auer, Sören
  • Collaborative Editing and Publishing of Linked Data with Onto Wiki
Dietzold, Sebastian
[Vertretung: Auer, Sören]

Session 2: Terminologies for clinical diagnostic support

  • SNOMED CT, Description Logic and Decision Support
Niggemann, Jörg
  • Einsatz der Terminologien SNOMED CT und ID MACS am Beispiel der elektronischen Organspendeerklärung (eOSE)
Hellmann, GunterAnfrage
  • Clinical diagnostics in human genetics with semantic similarity searches in ontologies
Robinson, PeterAnfrage
  • Dynamic Typing and Non-monotonic Reasoning – Principles for a Semantic Interpreter
Straub, Hans RudolfAnfrage

Session 3: Theoretical principles

  • How should parthood relations be expressed in SNOMED CT?
Baader, Franz
  • Constitution relations in biological cells
Jansen, Ludger
  • Reality and Abstraction: A Look at Different Models
Straub, Hans RudolfAnfrage
Loebe, FrankPDF DocumentPDF

Session 4: Ontology engineering and use

Freitas, FredPPT
  • The application of an ontology design pattern for functional abnormalities to phenotype ontologies and the extraction of an ontology of anatomical functions
Ngonga Ngomo, Axel Cyrille
  • The Ch EBI ontology
Hastings, Janna
  • An ontology-generation plug-in for OBO-Edit
Wächter, Thomas
Schober, DanielPPT
  • Mining ontology concepts from literature for automated gene annotation
Plake, Conrad

Session 5: Modelling and causality

  • A Four-Level Translational Approach to Modeling Surgical Processes
Neumuth, ThomasAnfrage
  • Ontological Knowledge Bases for Computer Assisted Surgical Applications
Mudunuri, RajAnfrage
  • Knowledge Representation via Digital Brain Atlases
Hege, Hans-Christian
[Vertretung: Kuß, Anja]
  • Beyond Structure: Ki SAO and TEDDY – Two Ontologies Addressing Pragmatical and Dynamical Aspects of Computational Models in Systems Biology
Knüpfer, ChristianAnfrage
  • A theory of causality
Michalek, HannesAnfrage

 
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