OBML 2010 – 2. Workshop der GI-Fachgruppe Ontologien in Biomedizin und Lebenswissenschaften Veranstaltung am 09.-10. September 2010, Mannheim, im Umfeld der GMDS 2010. Contents Sonderausgabe im Journal of Biomedical Semantics (2011) Organisation Ort und Zeit des Workshops Veranstalter Ziele des Workshops Programm, Abstracts & Präsentationen Session 1: Medical Informatics and Semantic Web  Session 2: Formal Ontology Guest Talk Session 3: Bio-Ontologies Session 4: Knowledge Representation and Description Logics Keynote

Links Sonderausgabe mit ausgewählten Arbeiten: JBMS Vol. 2, Suppl. 4, 2011   other language: English pre-workshop version   < OBML 2011 > OBML 2009

Sonderausgabe im Journal of Biomedical Semantics (2011)

http://www.jbiomedsem.com/

Vier von fünf eingeladenen Einreichungen zum OBML 2010 Workshop wurden nach erneuter, unabhängiger Begutachtung als Supplement des Journal of Biomedical Semantics publiziert: JBMS Vol. 2, Suppl. 4, 2011: Proceedings of Ontologies in Biomedicine and Life Sciences (OBML 2010)

Organisation

Ort und Zeit des Workshops

• Universität Mannheim, Institut für Informatik, Gebäude B6 26, Bauteil A, Raum A1.01    Karte (Google Maps)
• 09.-10. September 2010

Veranstalter

• Heinrich Herre, Universität Leipzig
• Robert Höhndorf, European Bioinformatics Institute, Cambridge
• Janet Kelso, Max-Planck-Institut für Evolutionäre Anthropologie, Leipzig
• Stefan Schulz, Universität Freiburg

• Lokale Organisation: Abteilung Wissensrepräsentation & Wissensmanagment des Instituts für Informatik, Universität Mannheim

Ziele des Workshops

Der zweite Workshop der OBML-Fachgruppe verfolgt das Ziel, auf den Schwerpunkten des AK tätige Wissenschaftler zu einem Gedankenaustausch zu versammeln, neuere Ergebnisse zu diskutieren und Kooperationsbeziehungen anzuregen. Es sind vor allem Beiträge zu den folgenden Themen gesucht, wobei weitere Themen nicht ausgeschlossen sind:

• Ontologien in den Bereichen Biologie, Medizin und der klinischen Forschung
  • z.B. Prozessontologien in der Systembiologie und in der Medizin
  • z.B. Ontologien zur Beschreibung klinischer Studien und medizinischer Phänotypen
  • z.B. Ontologien in der Neurobiologie
  • z.B. Kognitions-Ontologien
• Rolle der Ontologien in der Wissensrepräsentation
  • formale Ontologie von Raum und Zeit
  • formale Ontologie der Prozesse
  • ontologiebasierte Semantiken
• Methoden und Werkzeuge für den Aufbau und die Verwaltung von Ontologien

Programm, Abstracts & Präsentationen

• Programmübersicht mit Zeitangaben: PDF
• Workshop Report (in einer Datei): PDF     [1,3 MB]

Session 1: Medical Informatics and Semantic Web
SBML2SMW: Bridging System Biology with Semantic Web Technologies for Biomedical Knowledge Acquisition and Hypothesis Elicitation	Toldo, Luca	Request
An Ontological Implementation of a Role-Based Access Control Policy for Health Care Information	Cocos, Cristian	PPT
Evaluating the Disparity between Active Areas of Biomedical Research and the Global Burden of Disease Employing Linked Data and Data-driven Discovery	Zaveri, Amrapali	PPT
An Ontologically Founded Basic Architecture for Information Systems in Clinical and Epidemiological Research	Uciteli, Alexandr	PPT
Session 2: Formal Ontology
Can a Hole Be Inflamed? On the Relation of Morphologic Abnormalities and Anatomical Cavities in SNOMED CT	Niggemann, Jörg	Request
Representing Dispositions	Röhl, Johannes	ODP
Grains, Components and Mixtures in Biomedical Ontologies	Jansen, Ludger	PPT
Guest Talk
Ontology of Measurement	Tegtmeier, Erwin	PPTX
Session 3: Bio-Ontologies
Anatomy Ontologies and Potential Users: Bridging the Gap	Travillian, Ravensara	PPTX
The Ontology of Primary Immunodeficiency Diseases (PIDs) – Using PIDs to Rethink the Ontology of Phenotypes	Adams, Nico	NA
A Classification of Existing Phenotypical Representations and Methods for Improvement	Oellrich, Anika	PDF
Towards a Cellular Genealogical Tree Ontology	Herre, Heinrich	Request
Session 4: Knowledge Representation and Description Logics
Pre- and Postcoordination in Biomedical Ontologies	Schulz, Stefan	PPTX
Ontology Simplification: New Buzzword or Real Need?	Schober, Daniel	PPT
A Generic Reification Strategy for n-ary Relations in DL	Grewe, Niels	PDF
Keynote
Ontology Matching: Past, Present, and Future	Stuckenschmidt, Heiner	NA