IMISEWiki: Gruppen/OBML/Workshops/2013-ODLS ...

Startseite | Index | Änderungen | Kommentare | Benutzer | Registrierung | Anmeldung:  Passwort:  
 

ODLS 2013 – Ontologien und Daten in den Lebenswissenschaften

Workshop des GI/GMDS Fachbereichs externer LinkInformatik in den Lebenswissenschaften
Integrierter 5. Workshop Daten in den Lebenswissenschaften und Ontologien in Biomedizin und den Lebenswissenschaften (OBML)


16.-17. September 2013, Koblenz im Rahmen der externer LinkINFORMATIK 2013


Inhalt


Teilnahmeaufruf

Wo und Wann?

  • Universität Koblenz-Landau, Campus Koblenz, Universitätsstraße 1, 56070 Koblenz     vgl. externer LinkINFORMATIK 2013 > Tagungsort
  • 16.-17. September, 2013

Registrierung & Lokale Organisation


ODLS 2013 ist Bestandteil der INFORMATIK 2013, die die externer LinkRegistrierung sowie die lokale Organisation übernimmt, vgl. z.B. zum externer LinkTagungsort oder zu externer LinkUnterkünften. Dadurch kommt ein nennenswert höherer Teilnahmebeitrag zustande, als für bisherige OBML-Workshops üblich. Die Registrierungsseite bietet eine Übersicht der exakten Beträge (in verschiedenen Kategorien).

Kurzadresse dieser Seite:
externer Linkhttp://tinyurl.com/odls-2013


colocated button
externer Linksupported event of 


Links


  • GI/GMDS Fachbereich

  • akzeptierte Beiträge erscheinen im GI-Tagungsband
  • Autoren ausgewählter Beiträge werden eingeladen,
erweiterte Fassungen einzureichen für das

(vgl. externer LinkVol. 3, Suppl. 2 für OBML 2011; 2012 ist im Druck)

Wichtige Termine (zur Teilnahme)

Registrierung – Frühbucherfrist15. Juli 2013
Registrierung – Spätbucherfrist06. September 2013
Registrierung – Nachfrist/On-Site17. September 2013
Workshop 16.-17. September 2013

Programm


NEU [13.09.2013]      PDF DokumentDruckfassung des Programms (PDF, ca. 450 KB, englischsprachig)


Stand: 10.09.2013

Mo, 16.09.2013 
14:00-15:30
  • OPTIMAS-DW, Meta Crop and VANTED: A Case Study for Data Integration, Curation and Visualisation in Life Sciences
    Christian Colmsee, Tobias Czauderna, Eva Grafahrend-Belau, Anja Hartmann, Matthias Lange, Martin Mascher, Stephan Weise, Uwe Scholz, Falk Schreiber
  • Towards Biomedical Data Integration for Analyzing the Evolution of Cognition
    Amrapali Zaveri, Jens Lehmann, Katja Nowick
  • DICOM metadata as RDF
    Michael Brunnbauer
16:00-17:00
  • Encapsulated Models for Reasoning and Decision Support
    Ivana Cace, John-Jules Meyer, Carla Pieterman, Gerlof Valk
  • Using Life Science Data in Share Point
    Michael Erdmann, Daniel Hansch
Di, 17.09.2013 
09:00-10:30
  • Keynote: After the “Analytic Turn” – Are Ontologists Aware of the Needs of Full-Text Analytics?
    Udo Hahn
  • How fit is OWL to represent realist ontologies? The semantics of representational units in realist ontologies and the Web Ontology Language
    Daniel Kless, Ludger Jansen
11:00-12:30
  • Bio Top Lite: An Upper Level Ontology for the Life Sciences. Evolution, Design and Application
    Stefan Schulz, Martin Boeker
  • Representation, Realization, and Ascription of Functions for Material Entities
    Patryk Burek, Heinrich Herre
  • Ontological categories for fields and waves
    Johannes Röhl
14:00-15:30
  • Ontological analysis of controlled vocabularies used in PSI/MSI supported XML standards
    Daniel Schober, Gerhard Mayer, Annick Moing, Martin Eisenacher, Steffen Neumann
  • Measuring the Effect of a Guideline-based Training on Ontology Design with a Competency Questions based Evaluation Approach
    Martin Boeker, Niels Grewe, Johannes Röhl, Daniel Schober, Stefan Schulz, Djamila Seddig-Raufie, Ludger Jansen
  • Discussion

Vorträge


Alle regulären Vorträge finden in Zeitfenstern von 30 Minuten statt und sollten daher bitte ca. 22–25 Minuten Präsentation umfassen, gefolgt von 5–8 Minuten Diskussion.
Der Keynote-Vortrag ist mit 60 Minuten geplant, inklusive Diskussion.



Beitragsaufruf

Ziele des Workshops

Medizin, Biologie und Lebenswissenschaften produzieren Daten, Informationen und Wissen in kaum noch überschaubaren Dimensionen, deren computergestützte Verarbeitung, Integration, konzeptuelle Fundierung und Anwendung bestehende Methoden der Wissensrepräsentation, der Datenbanken und der Datenanalyse mit ständig neuen Herausforderungen konfrontiert. In den Lebenswissenschaften werden riesige Datenmengen in biologischen und medizinischen Experimenten erzeugt mit dem Ziel, biologische Zusammenhänge zu entschlüsseln bzw. besser zu verstehen, bzw. mit dem Ziel, Patienten die bestmögliche Therapie zukommen zu lassen. Der Bogen der Datenhaltung und Datenverarbeitung in den Lebenswissenschaften spannt sich von der bestmöglichen Integration und Verwendung verteilt vorliegender, heterogener Daten bis zur bestmöglichen Verschleierung medizinischer Daten.


Die sich herausbildende Wissenschaft der Formalen Ontologie entwickelt Modelle und Methoden für die Bearbeitung dieser Probleme und ermöglicht neuartige Anwendungen. Ontologische Methoden unterstützen und verbessern die semantische Fundierung und damit auch die Standardisierung und Analyse von Konzepten eines Wissensgebiets. Sie spielen eine zunehmende Rolle bei der Lösung von Problemen, die bei der Integration von Daten, Informationen und Wissen entstehen. Sie liefern neue Ansätze für die semantischen Grundlagen der Wissensrepräsentation und eröffnen eigene Forschungsfelder. Von besonderer Bedeutung ist die Anwendung von Ontologien für die Annotation von Biomaterialien, für die effiziente Suche und Abfrage von biomedizinischen Informationen und bei der Anwendung von automatisierten Inferenzprozessen. Eine wichtige Rolle spielen Ontologien in Verbindung mit den Technologien des Semantic Web, die zu neuen Paradigmen der Repräsentation, der Verarbeitung und der Distribution von Wissen geführt haben.


Der Workshop integriert die bisherigen Workshops „Daten in den Lebenswissenschaften“ und „Ontologien in Biomedizin und den Lebenswissenschaften“ und verbindet damit zwei für die biomedizinische Forschung wichtige Gebiete. Durch diese Verbindung wird die ganze Bandbreite biomedizinische Informationsverarbeitung erfasst, von der experimentellen Datenerhebung, der Verwaltung der Daten, über die Interpretation der Daten und ihre Strukturierung, bis hin zu der Entwicklung von darauf aufbauenden Wissensstrukturen in Form von Ontologien mit ihren vielfältigen Anwendungen.


Der Workshop verfolgt das Ziel, auf den Gebieten der Informatik in den Lebenswissenschaften und der Angewandten Ontologie tätige Wissenschaftler zu einem Gedankenaustausch zu versammeln, neuere Ergebnisse zu diskutieren und Kooperationsbeziehungen anzuregen. Der Workshop ist interdisziplinär ausgerichtet. Er fördert die Zusammenarbeit zwischen Ontologen, Informatikern, Bioinformatikern, Medizininformatikern, und angewandten Logikern, sowie die Kooperation mit Medizinern, Biologen, Biochemikern und Biometrikern.


Themen


Es sind vor allem Beiträge zu den folgenden Themen gesucht, wobei weitere Themen nicht ausgeschlossen sind.


z.B. formale Ontologie von Raum und Zeit, formale Ontologie der Eigenschaften, Rollen und Funktionen
z.B. Anwendungen des Semantic Web

Wichtige Termine (zur Einreichung)

Beitragseinreichung 12. Mai 2013 * (strikt!)30. April 2013, 22. April 2013
Entscheidung über die Annahme 03. Juni 201320. Mai 2013
Registrierung mindestens eines Autors 30. Juni 2013
Einreichung der druckfähigen Fassung 01. Juli 2013 (strikt!)

* ACHTUNG: Nach allgemeiner Verlängerung durch die INFORMATIK, vgl. die dortige externer LinkTerminübersicht, wird auch die ODLS-Einreichungsfrist nochmals erweitert.

Organisation




Programmkomitee



Beitragseinreichung


Einreichungen zu diesem Workshop sollen i.d.R. 2–4 Seiten umfassen. Da im Rahmen der INFORMATIK aber auch mehr Seiten möglich sind, sind auch längere Beiträge (bis zu 15 Seiten) zugelassen. Es wird sehr empfohlen, Einreichungen in englischer Sprache zu verfassen, es können aber auch Beiträge auf Deutsch akzeptiert werden.


Für die Formatierung von Einreichungen sind die Vorlagen für die externer LinkGI-Edition Lecture Notes in Informatics (LNI) und deren Richtlinien zu verwenden:


Zur Begutachtung sind die Beiträge bevorzugt im PDF-Dateiformat einzureichen, wobei auch Microsoft Word (DOC and DOCX) and Postscript (PS) zugelassen werden.


Die Einreichungen sind über die ConfTool Konferenzverwaltung zur INFORMATIK 2013 vorzunehmen:


Eingereichte Beiträge werden geprüft und erscheinen bei Annahme im GI-Tagungsband zur INFORMATIK 2013 in der externer LinkGI-Edition Lecture Notes in Informatics (LNI). Voraussetzung für die Veröffentlichung im Tagungsband ist die Anmeldung mindestens eines Autors zum Workshop bzw. zur INFORMATIK 2013 bis spätestens 30. Juni 2013.


Nach dem Workshop werden ausgewählte Beiträge dazu eingeladen, erweiterte Fassungen beim externer LinkJournal of Biomedical Semantics einzureichen. Diese müssen dann in englischer Sprache vorliegen.


 
Zu dieser Seite gibt es keine Dateien. [Zeige Dateien/Hochladen]
Kein Kommentar. [Zeige Kommentare]
Zeit: 0.085 s
Speicher: 4.217 Mb